המשלחת הראשונה של בורונדי למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור וכללה ארבעה ספורטאים שהתחרו בענף האתלטיקה ולא הגיעה להישגים. השתתפותה של המשלחת הייתה סמלית. המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג מתנה 8 ספורטאים שהתחרו בשלושה ענפי ספורט והייתה המשלחת הגדולה ביותר שבורונדי שלחה עד כה. המשלחת הגיעה להישג משמעותי בענף האתלטיקה עם זכייה במדליית כסף בריצת 3000 מטר נערים, וסיום במקום הרביעי בריצת 2000 מטר מכשולים נערים ומקום חמישי בריצת 3000 מטר נערות. המשלחת השתתפה גם באופן סמלי בתחרויות בענפים טניס וכדורעף חופים.
