המשלחת הראשונה של בוטסואנה למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור וכללה חמישה ספורטאים שהתחרו בשלושה ענפי ספורט. המשלחת השתתפה בתחרויות בענפים אתלטיקה, ג'ודו ושחייה בה היא סיימה במקומות האחרונים והשתתפותה הייתה סמלית. המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג מתנה 8 ספורטאים שהתחרו בארבעה ענפי ספורט והייתה המשלחת הגדולה ביותר שבוטסואנה שלחה עד כה. המשלחת הגיעה להישג משמעותי בענף האתלטיקה עם זכייה בשתי מדליות כסף בריצת 200 מטר וריצת 400 מטר נערים. המשלחת סיימה במקומות האחרונים והשתתפה באופן סמלי בענפים בדמינטון, ג'ודו ושחייה.
