המשלחת הראשונה של אל סלוודור למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור וכללה ארבעה ספורטאים שהתחרו בארבעה ענפי ספורט: התעמלות, חתירה, טניס שולחן וסיף. ספורטאי המשלחת לא הגיעו להישגים משמעותיים וסיימו במקומות האחרונים בתחרויות.
המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג הייתה המשלחת הגדולה ביותר ששלחה אל סלוודור עד כה והיא מנתה שמונה ספורטאים שהתחרו בחמישה ענפים. המשלחת זכתה במדליית כסף בענף השחייה בתחרות שחייה חופשית ל-400 מטר נערים. כמו כן, המשלחת הגיעה להישג בענף הרכיבה בה סיימה במקום הרביעי בתחרות היחידים. המשלחת השתתפה גם בענפים היאבקות, חתירה וטריאתלון בהם סיימה במקומות האחרונים.
