המשרד להגנת הסביבה ורכבת ישראל הסכימו כי עבודות התשתית של הרכבת יבוצעו תוך שימוש בחומרי גלם ממוחזרים. בכל עבודת בנייה של הרכבת לפחות חמישית מחומרי הגלם יהיו ממוחזרים. מיחזור פסולת בניין בצורה זו יוזיל את עלויות החציבה של חומרי גלם חדשים בכ-30%. (אתר "גלי צה"ל" - 30 ביוני 2008)
דיון סוער בין רם בלניקוב, הממונה על התקציבים במשרד האוצר, לבין גדעון סיטרמן, מנכ"ל משרד התחבורה, הסתיים בהקפאתם של פרויקטים מתוכנית הפיתוח של רכבת ישראל. פקידי האוצר דרשו מהנהלת הרכבת להתכנס למסגרת התקציב על רקע חריגה של כ-4 מיליארד שקל מתקציב הפיתוח שלה הנאמד בכ-29 מיליארד שקל. הדיון נערך בעקבות החלטת משרד האוצר "לסגור את הברז" ולהפסיק את הזרמת תקציב הפיתוח לרכבת. בלניקוב ואנשי משרדו אילצו את סיטרמן ואנשי הרכבת לערוך סדר עדיפויות לפרויקטי הפיתוח של הרכבת, וכך הוקפאו הקמת קו עיירות הפיתוח (בין אשקלון לבאר שבע), רכישת ציוד נייד וביצוע חיבור מסילתי ישיר בין מודיעין לבין ירושלים. (אתר "כלכליסט" - 26 ביוני 2008)
במכרז החדש להקמת חנויות נוחות בתחנות רכבת ישראל השתתפה רק חברת "דלק", בעוד פז, סונול ודור אלון ויתרו עליו בטענה שאינו כדאי כלכלית בשל תנאי הזיכיון (לכל תחנת רכבת ישנו זיכיון ספציפי; הזיכיון קצוב לתקופת זמן קצרה; מחירו של הזיכיון מהווה אחוז ניכר מהוצאות התפעול; ועל פי הזיכיון לא ניתן למכור סיגריות בחנויות הנוחות). עם זאת, מדוברות רכבת ישראל נמסר כי במכרז השתתפו מתמודדים רבים (שאינם מהווים שלוחה של מפעילות תחנות הדלק), ובהן Elite Coffee של קבוצת שטראוס וקפה יטבתה, והדבר מעיד על הכדאיות הכלכלית של הפעלת חנויות נוחות בתחנות רכבת. (אתר "כלכליסט" - 26 ביוני 2008)
רשות הטבע והגנים מציעה חלופה לתוואי A1 של קו הרכבת המהיר לירושלים - על פי התוואי הנוכחי, הרשות צופה פגיעה סביבתית חמורה בכל אזור "ארץ הכפירה", המרחב שמצפון לכביש 1 שמהווה מכלול רצוף של שטחים פתוחים בעלי חשיבות אקולוגית, נופית והיסטורית (בין אתריו המוכרים של האזור - נחל יתלה והקניון השחור). כבר לפני שלוש שנים הציעה רשות הטבע והגנים תוכנית חלופית לתוואי הנוכחי שבו תיחסך הפגיעה הסביבתית, שרובה תיגרם מפריצת דרכי-מעבר לדחפורים ולציוד הנדסי אחר. כעת הרשות דרשה מרכבת ישראל לבחון מחדש את הצעתה שצפויה להאיץ את התקדמות הפרויקט ולהוזיל את עלויותיו. הצעת הרשות מתבססת על ביטול הגשר שעתיד להימתח מעל נחל יתלה על ידי הנמכת המסילה מתחת לנחל - בכך יאוחדו שתי מנהרות למנהרה אחת בת 13 ק"מ שתעבור מתחת לנחל יתלה. (אתר "Nrg" - שנים-עשר ביוני 2008, באתר nrg)
משרד האוצר ורכבת ישראל בדרך לפתרון סוגיית תוכנית הפיתוח המעודכנת - לפני כחודש האוצר עצר את הזרמת הכספים לחברה הממשלתית במטרה לחייבה לעדכן את תוכנית הפיתוח כך שלא תפרוץ את מסגרת התקציב. כתוצאה מ"סגירת הברז" חובות החברה לקבלנים האמירו ל-150 מיליון ש"ח. כעת הועבר לרכבת ישראל תשלום חד פעמי של כ-90 מיליון ש"ח לכיסוי החובות, ונקבעה פגישה בין נציגי משרד האוצר לנציגי חברת הרכבת על מנת לחדש את הזרמת תקציב הפיתוח באופן סדיר. האוצר דרש מהחברה להציג תוכנית פיתוח מעודכנת, מצומצמת; אך ברכבת טוענים כי יש הכרח לפרוץ את מסגרת התקציב כדי שלא לעצור פרויקטים חיוניים (למשל, קו הרכבת המהיר לירושלים וקו אשקלון-באר שבע). (אתר "The Marker" - עשרה ביוני 2008)
יצחק הראל, מנכ"ל רכבת ישראל, נאם בכנס הניהול שנערך על ידי קבוצת "אביב" בחסות "הארץ כנסים". הראל פירט את בעיות הניהול המיוחדות לחברתו ושיתף את באי הכנס בפיתרונות שאותם הוא מוצא לנכונים. הבעיה העיקרית שהציג הייתה עצירת תקציב הפיתוח של הרכבת על ידי משרד האוצר: "אנחנו משלמים כל חודש 2 מיליון שקל לקבלנים אשר אינם מורשים עדיין להתחיל בעבודות לביצוע הפרדות מפלסיות, למרות החלטת ממשלה בעניין וזכייתם במכרזי החברה". בשמונת החודשים האחרונים ירדו לטימיון 16 מיליון ש"ח בעקבות מחלוקת בין משרד האוצר למשרד התחבורה. בעיה נוספת שעימה הראל מתעמת היא צבירת הכוח של עובדי החברה, שאותה כינה "גיבנת היסטורית". המעבר מאגף במשרד ממשלתי לחברה עסקית לא הושלם ועובדי הרכבת עדיין זוכים להטבות שכר מפליגות ביחס לעובדי ציבור אחרים בפרט וביחס לשאר העובדים במשק בכלל: "בעינַי זהו מצב בלתי נסבל שלמעלה מ-50% מהוצאות התקציב מופנות לתשלומי שכר לעובדים". הפחתה של מצבת עובדי הרכבת מ-2,000 עובדים לכ-1,700 היא הפתרון הראוי, לדידו של הראל. בימים אלו יוצא לדרך הסכם פרישה מרצון של כ-150 מעובדי הרכבת, ועל מחאתם של עובדי תחנת הרכבת דימונה כנגד התוכנית אמר הראל כי מדובר ב"לקיחת החוק לידיים ובסימפטום שאסור לנו להסכים לו". (אתר "The Marker" - שניים ביוני 2008)