הנוסעים יכולים להחליף בין קווי הרכבת בתחנות מסוימות (לרוב, תחנות יותר גדולות וסואנות). תחנה המאפשרת מעבר בין קווי רכבת קרויה "תחנת קשר" (או "תחנת מעבר"). לעומת זאת, עבור רכבת מסוימת, "תחנת ביניים" היא תחנה שבה חולפת הרכבת מבלי לעצור בה. לרוב, מיידעים את הנוסעים שבכדי להגיע לתחנת ביניים כלשהי יש לרדת בתחנת קשר כלשהי ולהחליף רכבת. תחנה שבה רכבת מסוימת מסיימת את נסיעתה נקראת "תחנה סופית" עבור רכבת זו.
לרכבת ישראל יש עשרה קווים בינעירוניים (מתוכם שני קווי לילה שהם מושבתים) ושישה קווים פרבריים (מתוכם אחד מושבת ואחד הוא קו עתידי) – הקווים הבינעירוניים מקשרים את מטרופולין חיפה, מטרופולין תל אביב, מטרופולין ירושלים ומטרופולין באר שבע. הקווים הפרבריים מחולקים בין המטרופולינים כך ששלושה מקשרים את העיר תל אביב עם ערים אחרות במרכז הארץ, קו פרברי נוסף בצפון הארץ מקשר את העיר חיפה עם הקריות ועוד קו פרברי בדרום מקשר את העיר באר שבע עם דימונה. בנוסף פועל קו בינעירוני אחד בשעות הלילה המחבר את נתב"ג, תל אביב, חיפה ונהריה.