במהלך חקירת משטרת ישראל את תאונת הרכבת ברבדים שאירעה בשנת 2005, ויתרה רכבת ישראל על חיסיון מסמכים שעשויים להפלילה. אך משנדרשה להעביר את מסמכי ועדת הבדיקה הפנימית של החברה (שחקרה את נסיבות התאונה), התנגדו לכך 12 מעובדי החברה שהעידו בפני הוועדה. לטענתם, אמנם חברת הרכבת ויתרה על החיסיון המשפטי שלה עצמה, אך מסירת עדויות העובדים עשויה להפלילם, וכך תיפגע זכותם להימנע מהפללה עצמית. בית המשפט המחוזי בבאר שבע קבע כי רכבת ישראל תמסור את המסמכים, משום שזכותם של העובדים להימנע מהפללה עצמית נופלת בחשיבותה מהשאיפה למצות את חקירת המשטרה עד תום ולהגביר את הבטיחות של הציבור הרחב. על אף שבית המשפט קבע כי חברה ציבורית לא יכולה להיהפך ל"מקלט של היחיד מחבות בפלילים", נקבע גם כי אם יוגשו כתבי אישום נגד העובדים שהעידו בפני ועדת הבדיקה הפנימית של רכבת ישראל, שמורה להם הזכות לערער על קבילות ההודאה שתשתמע ממסמכי הוועדה או על משקלה כגורם להרשעה. (אתר "News1" - שמונה-עשר בדצמבר 2008)
חברת הלוגיסטיקה"פרידנזון" חתמה על הסכם שיתוף-פעולה עם רכבת ישראל, במסגרתו תוכל החברה לעשות שימושי במסופי המטענים של הרכבת. ההסכם נחתם בעקבות פיילוט מוצלח של "פרידנזון" להובלת מכולות קירור של חברת אגרקסקו מהערבה לנמל חיפה באמצעות רכבות משא - זו הפעם הראשונה שרכבת ישראל משנעת מכולות קירור. הסכם שיתוף הפעולה יביא לכך שניתן יהיה לתכנן את כל שרשרת האספקה (מדלת לדלת), ולקוחות החברה יוכלו לקבל שירות משולב של הובלה (גם ברכבת וגם במשאיות). (אתר "Port2Port" - שבעה-עשר בדצמבר 2008)
בנובמבר 2008 נרשם שיא חדש של נסיעות ברכבת ישראל - 3.26 מיליון נסיעות (133.1 אלף נסיעות בממוצע מדי יום במהלך החודש). ההכנסות של חברת הרכבת ממכירת כרטיסי נסיעה מתחילת השנה הסתכמו בכ-453 מיליון ש"ח, מתוכם 46 מיליון ש"ח בחודש נובמבר. לעומת זאת, חלה ירידה של כ-14% בכמות הנסיעות של רכבות משא. (אתר "The Marker" - שבעה-עשר בדצמבר 2008)
מחקר שנערך באוניברסיטת חיפה מוכיח כי רכבת ישראל מהדקת את הקשר בין מרכז לפריפריה - 64% מהיוממים נוסעים ברכבת למטרופולין תל אביב, ו-25% מהיוממים נוסעים לעבוד במטרופולין חיפה. כמו כן, נמצא שהרכבת יוצרת הפריה הדדית בין הערים הגדולות - 40% מהיוממים החיפאים עובדים בתל אביב, ו-32% מהיוממים התל אביבים נוסעים לעבוד בחיפה. נמצא גם שנגישות לתחנות רכבת ישראל הפכה לפרמטר חשוב בבחירת מקום מגורים - עד שנת 1990, הרכבת הייתה גורם משפיע רק עבור 15% מהאזרחים שהחליפו מקום מגורים, ואילו בין השנים 2001–2005, שיעורם נאמד בכ-35%. במחקר נמצא גם שהרכבת גרמה לנטישת כלי הרכב הפרטיים - 40% מהיוממים ויתרו על מכוניותיהם כאמצעי הגעה לעבודה. (אתר "ynet" - עשרה בדצמבר 2008)
9/12/2008
בתחנת הרכבת נתניה מתוכנן שיפוץ גדול במסגרתו יוכשר חלקה המזרחי של התחנה למעבר נוסעים. כיום, הכניסה לתחנה והיציאה ממנה מתבצעות רק דרך אולם הנוסעים שבחלקה המערבי, ואילו השטח שממזרח לתחנה משמש לחנייה "פרטיזנית". במקום יוכשר חניון עם 270 מקומות חנייה ותיסלל דרך-גישה שתקל על תושבי השכונות המזרחיות של נתניה להגיע לתחנה. שיפוץ התחנה נאמד בכ-6 מיליון ש"ח, והוא צפוי להימשך 8 חודשים לאחר שעירייתנתניה תאשר את התוכניות ותיתן את הסכמתה להשתתף במימון הפרויקט. (אתר "Netanya News" - תשעה בדצמבר 2008)
חברת האבטחה "השמירה", המספקת לרכבת ישראל את כוח האדם לאיוש עמדות התצפיתנים במפגשי הכביש-מסילה ברחבי הארץ, פתחה במאבק משפטי נגד חברת "מודיעין אזרחי". לטענת "השמירה", חברת "מודיעין אזרחי", שזכתה במכרז החדש לאיוש עמדות התצפיתנים של רכבת ישראל, הגישה תצהיר כוזב לפיו אף משרד ממשלתי לא כתב עליה דו"ח ביקורת שלילי, למרות שמשרד האוצר פרסם שני דוחות ביקורת שליליים אודות החברה בשלוש השנים האחרונות. רכבת ישראל החליטה להקפיא בינתיים את ההתקשרות עם "מודיעין אזרחי" עד לבירור משפטי של הנושא. (אתר "גלובס" - 3 בדצמבר 2008)
מאז בדיקת מבקר המדינה ב-2005 שעמד על תופעת הנפוטיזם ברכבת ישראל, התופעה רק הולכת ומתרחבת. מאז הבדיקה עלה מספר העובדים המוגדרים כקרובי משפחה ב-60%. כיום כמעט חמישית מעובדי החברה הם קרובי משפחה, וליותר משליש מחברי ועד העובדים יש קרובי משפחה העובדים בחברה. (אתר "ynet" - אחד בדצמבר 2008)