ספריית הפחתה

ספריית הפחתה (באנגלית: Subtraction Library) היא שיטה בביולוגיה מולקולרית בה ניתן לבחון 'עלייה' או 'ירידה' (תלוי לאיזה כיוון עושים אותה) של גנים ספציפיים כתגובה לשינוי מסוים כגון: טמפרטורה, חומרים שונים, ותנאי סביבה קיצוניים.

כללי

קיימות שיטות מולקולארית שונות בהן ניתן לחפש שינויים גנטיים כתגובה לגירוי חיצוני או פנימי. ספריית הפחתה היא אחת משיטות אלו, והיא מבוססת על היברידיזציה בין מולקולות ה-RNA לפני הטיפול לבין מולקולות ה-RNA אחרי הטיפול, כך שרק אלו שלא עברו הכלאה (עקב אי נוכחות ביטוי הגנים לפני הטיפול) יוגברו ב-PCR. ישנן שיטות מולקולריות מדויקות יותר לבחינת עלייה או ירידה של גנים, כמו למשל microarray. אולם עבור שיטה זו ודומות לה, יש לדעת את רצף הגנום כולו של הייצור הנבדק, מידע שלא קיים עבור רוב היצורים. מבצעים ספריית הפחתה כאשר אין ידע רב על הגנום של הייצור הנבדק, ובכל זאת מעוניינים לגלות אילו גנים קשורים לתופעה מסוימת על ידי כך שבוחנים את עלייתם/ירידתם כתגובה לתופעה זו.

השיטה

כדי לבחון אילו גנים חדשים עלו יש להפיק mRNA משני סוגי רקמות - כזו שעברה טיפול וכזו שלא עברה. זו שלא עברה טיפול תיקרא Driver וזו שעברה תיקרא Tester. את ה-Tester מחלקים לשתי דוגמאות. הופכים את ה-mRNA של שתי הדוגמאות ל-cDNA יחד עם פרוב שונה לכל אחת. בנוסף עושים הגברה ל-Driver עם RTPCR. אחרי הכנות אלו מתחילים בהיברידיזציות והגברות: תחילה עושים היברידיזאציות בין ה-Driver לשני ה-Testers ואחר כך בין ה-Tester ל-Tester. בסופו של דבר תתקבלנה מולקולות cDNA המכילות את שני הפרובים השונים משני הצדדים על אותו הגדיל, והן היחידות שיוגברו (עם תחלים ספציפיים לפרובים) בעת עשיית PCR מחודש. המולקולות האלו יהיו רק אלו שלא עברו היברידיזציה עם ה-Driver משום שלא היו להן התאמות עם מולקולות מקבילות שלו, מה שמעיד על עלייתן כתוצאה מהטיפול. אם עושים את ה-Driver וה-Tester הפוך ניתן לדעת אילו גנים 'ירדו' כתגובה לטיפול.