שיחה:חלבון סוכך

צריך לתקן את ההגדרה של המבנה השניוניEddau - שיחה 14:54, 5 במרץ 2008 (IST)

העברת הערך

המילה הלועזית שפרון אינה מובנת לקורא הסביר. המונח העברי התקני "חלבון סוכך" קל יותר להבנה. אני מציע להעביר את הערך לחלבון סוכך וליצור הפניות מחלבון לוויה וחלבון מלווה. כמובן שההפניה משפרון לא תימחק. יום נעים, ליאור ޖޭ 18:21, 5 במרץ 2008 (IST)

עקה והלם

שים לב להערתי בהמשך להודעתך בפורום 'הכה את המומחה'. בנצי - שיחה 20:52, 5 במרץ 2008 (IST)

שינויים

עשיתי מספר עריכות תוכן (ויש עוד כמה לעשות) - הנה ההסברים

• היה: "החלבונים הסוככים מגינים על החלבון המתקפל מפני עיוותים מבניים שעלולים לחול בו עקב מצב עקה. חלבונים סוככים אחרים נמצאים בריבוזום בו נבנים רוב החלבונים, ומסייעים בקיפול מיעוט של חלבונים מסוימים הזקוקים לעזרה בקיפול בעת היווצרותם על מנת להגיע למבנה נכון."

לכל החלבונים דרושים לשפרונים כדי לא להתקפל לפני שנגמר תרגום הפוליפפטיד ולכן רצוי לשים את סוג זה ראשון, זהו תפקידו המרכזי של שפרון.

• היה: "כשחלבון עובר דרך קרום הוא נפרש ומתקפל חזרה למצבו המרחבי הנכון."

נמחק. חפש מידע על "פפטיד מכוון" או "רצף של התחל מעבר"/ "רצף של הפסק מעבר".

חלבונים המיועדים להפרשה או לאברונים תוך תאיים מתקפלים בתוך הלומן של הER.

חלבונים ממברנים מתקפלים ישירות בRER.

• היה: "סוגים אחרים של חלבונים סוככים מעורבים בהובלת חלבונים דרך קרומים תוך-תאיים (טרנספורט) למשל דרך המיטוכונדריה "

לא תיקנתי, אבל כאמור הכניסה למיטוכונדריה היא באמצעות בועוית תובלה ולא ע"י שפרונים.

אשמח אם מישהו יביע את דעתו לפני התיקון.

• היה: "המבנה השיניוני והשלישוני מוחזקים בעיקר על ידי דחייה שיוצרים המים שבנוזל התא על החלקים השמנוניים של החלבון. החלקים השמנוניים שלו מתכנסים לתוכו והחלקים ההידרופיליים שלו בולטים החוצה. מסיבה זו, סביבה שמנונית פורסת את החלבון וסביבה הידרופילית מקפלת אותו. ישנם שני סוגים של מערכות חלבונים סוככים: 1. מערכות המספקות סביבה שומנית לחלבון שמקופל לא נכון ולהחליף סביבה זו בהשקעת אנרגיה בסביבה הידרופילית חזקה וכך לדחוף את החלבון לקיפול נכון. 2. מערכות שמספקות סביבה הידרופילית לחלק של חלבון ומחליפות אותה בהשקעת אנרגיה בסביבה שומנית כדי לפרוש את החלבון. פרישה זו מאפשרת לחלבון לעבור דרך קרום תוך תאי, להתקפל חזרה למבנה השלישוני הנכון שלו באופן ספונטני או להתקפל חזרה למבנה שלישוני נכון בעזרת מערכות חלבונים סוככים מהסוג הראשון. "

זה לא נכון, אני לא יודעת איך לשכתב את זה כי אין לי חלופה, השארתי את הרוב בינתיים.

מהם המקורות לקטע?

תיקנתי לגבי המבנה השניוני שכאמור מוחזק בעיקר על ידי קשרי מימן.

לגבי השאר - בכל חלבון יש מתחמים הידרופובים והידרופילים בחלבון.

ישנם חלבונים בסביבה שומנית (חלבונים ממברנים) וחלבונים בסביבה הידרופילית.

על פי רוב חלבון נפרש בנוכחות מולקולות אמפיפתיות (מולקולות להן חלק הידרופובי וחלק הידרופילי) גלל שהמולקולה חודרת אל לב החלבון "ומוציאה לו את הקרביים".

אשמח להסבר לגבי סיר ומכסה - האם הכוונה לריבוזומים?

חתול מפלצת - שיחה 13:32, 9 במרץ 2008 (IST)

תודה על התיקונים. חלקם, עד כמה שהבנתי מה שלימדו אותי, אינם נכונים. לא לכל החלבונים דרושים שפרונים לייצור שותף. עניין הרצף המקדם לחלבון שאמור לעבור קרום, למשל את קרום המיטוכונדריה, נכון אבל לא רלוונטי. חלבון כזה עדיין צריך להיפרש, לעבור את הקרום ולהתקפל חזרה בתוך המיטוכונדריה. הרצף המקדים מועיד אותו לפרישה כזו אבל הוא אינו פורש אותו בעצמו. לצורך זה יש שפרונים.

הקטע "המבנה השיניוני והשלישוני מוחזקים בעיקר על ידי דחייה שיוצרים המים שבנוזל התא על החלקים השמנוניים של החלבון. החלקים השמנוניים שלו מתכנסים לתוכו והחלקים ההידרופיליים שלו בולטים החוצה. מסיבה זו, סביבה שמנונית פורסת את החלבון וסביבה הידרופילית מקפלת אותו. ישנם שני סוגים של מערכות חלבונים סוככים: 1. מערכות המספקות סביבה שומנית לחלבון שמקופל לא נכון ולהחליף סביבה זו בהשקעת אנרגיה בסביבה הידרופילית חזקה וכך לדחוף את החלבון לקיפול נכון. 2. מערכות שמספקות סביבה הידרופילית לחלק של חלבון ומחליפות אותה בהשקעת אנרגיה בסביבה שומנית כדי לפרוש את החלבון. פרישה זו מאפשרת לחלבון לעבור דרך קרום תוך תאי, להתקפל חזרה למבנה השלישוני הנכון שלו באופן ספונטני או להתקפל חזרה למבנה שלישוני נכון בעזרת מערכות חלבונים סוככים מהסוג הראשון. " הוא קטע נכון מאוד. הוא משמיט רק את קישרי הסולפא בחלבונים שאותם ממילא השפרונים לא מתקנים. בלי קטע זה המנגנון הביולוגי של השפרונים לא מובן. אם הקטע הזה לא היה נכון, לא היה גם הסבר למשפט שלך "על פי רוב חלבון נפרש בנוכחות מולקולות אמפיפתיות (מולקולות להן חלק הידרופובי וחלק הידרופילי) גלל שהמולקולה חודרת אל לב החלבון 'ומוציאה לו את הקרביים'." Eddau - שיחה 03:12, 10 במרץ 2008 (IST)

אה, ולגבי אלגורית הסיר והמכסה, אין לזה קשר לריבוזום. זו דרך הפעולה של מערכות שפרונים ציטופלזמטיים כמו GroEL וGroES.

הדיון יכול להיות פורה ומועיל יותר אם תציינו בגוף הערך, בעזרת הערות שוליים, את המאמרים וספרי הלימוד עליהם אתם מסתמכים. אותנו לימדו, על בסיס PMID 10660042 משנת 2000, שבחבית GroEL יש אתרים הידרופוביים על שפת הסיר (קרוב למכסה) אליהם נצמדת השרשרת הפוליפפטידית. אני לא יודע אם אפשר לומר שזה נכון לכל החלבונים הסוככים, אך ודאי שלא ניתן לומר זאת ללא מקור. בטח התגלו כמה דברים חדשים מאז 2000, ניסיתם לחפש איזה מאמר סקירה עדכני בנושא? ליאור ޖޭ 07:12, 10 במרץ 2008 (IST)

ברור שהכל צריך להיות מגובה במאמרים. אולי כדאי באמת לעשות את כל השינויים רק לפי מקורות מצוטטים במקום שכל אחד מאיתנו ישנה את הכתוב על פי מה שהוא זוכר ממה שלמדו אותו כשזה היה החומר העדכני ביותר. לא נורא אם כל השינויים יהיו איטיים יותר במקום שנשחק פינג-פונג של עריכות הלוך ושוב. Eddau - שיחה 07:54, 10 במרץ 2008 (IST)

בהחלט רצוי שנדבר ולא נעשה סתם סלט, בגלל זה גם הערתי על חלק מהדברים בלי לשנות.

המידע שלי הוא מלימודי בקורס ביוכימיה של חלבונים באו"פ. הספרים אינם ספרים עדכניים, אך המנחים והחומר מעודכנים כמובן.

ביום חמישי יש לי שיעור בביולוגיה של התא שדן בנושא של ייצור חלבונים, כך שהייתי רוצה לחכות עד אז במקום לומר דברים מהזיכרון. אוכל גם לשאול את המנחה בנושא אם יהיה צורך.חתול מפלצת - שיחה 16:12, 10 במרץ 2008 (IST)

אדי, את המקורות שאתה מוסיף כדאי לעצב כהפניה ביבליוגרפית, כפי שנעשה במערכת הראייה ובמניהוט מצוי למשל. זה לוקח עוד דקה אך עוזר לקוראינו. במקום הקישור הארוך [1] אפשר לרשום פשוט PMID 17940840. יום נעים, ליאור ޖޭ 06:38, 11 במרץ 2008 (IST)

הערות

כקורא חסר רקע בביולוגיה מתקדמת, נהניתי מאד לקרוא ולהבין את הערך. כמה הערות קטנות:

1. פסקת הרקע ההיסטורי מתחילה במי שלא טבע את המונח; זה קצת מוזר, במיוחד שלא נאמר מי כן טבע אותו (ומתי ולמה).
2. סיפורי הסיר והמכסה (בפסקה "ישנם חלבונים שיש להם מבנה רבעוני...") אינם ברורים.
3. האם כל החלבונים הסוככים מסובכים במידה אימתנית כמו זה שבציור? בין כך ובין כך, כדאי להעיר משהו על הגודל של היצורונים האלה. עוזי ו. - שיחה 14:13, 9 במרץ 2008 (IST)

מי שטבע את הביטוי השתמש בו עבור חלבון המשמש כשפרון אך ורק לחלבון בודד ולא למגוון של חלבונים. לכן נשללה ממנו זכות הראשונים. אם נראה לך ששם ההוגה חשוב גם הוא, אברר אותו. לגבי ניסוח אלגוריית הסיר והמכסה, אנסה לשפר את העניין. הסיר בנוי מחלבון אחד לפחות ולחלבון הזה יש מבנה רביעוני. המכסה מורכב מחלבון שני וגם לו יש מבנה רביעוני. לגבי סיבוך המבנה, צר לי. להרבה חלבונים יש מבנה מסובך מאוד. נסה לחשוב כיצד עוד אפשר להנדס מכונה שחייבים לבנות אותה משרשראות. כשאנשים מהנדסים תחליפי חלבון שמיוצרים במעבדה כימית, הם יכולים לחרוג מכורח זה והתוצאה פשוטה בהרבה. אחת הדרכים לייצר תחליף חלבון קטן ויציב היא ייצור של פפטיד מעגלי - שרשרת חלבונית קצרה שקצוותיה מחוברות. את זה התא החי לא יכול ליצר (אם הבנתי נכון). Eddau - שיחה 08:03, 10 במרץ 2008 (IST)