ניר בן-טל

ניר בן-טל
לידה	15 בספטמבר 1961 (בן 62); ירושלים, ישראל
עיסוק	ביולוג חישובי
מקום לימודים	האוניברסיטה העברית בירושלים (1987); הטכניון - מכון טכנולוגי לישראל (1993); אוניברסיטת קולומביה (1995); אוניברסיטת קולומביה (1997) ;
מנחה לדוקטורט	נמרוד מויסייב
מוסדות	הטכניון - מכון טכנולוגי לישראל 1988 - 1993; אוניברסיטת תל אביב 1997 - היום;
	www.bentalab.com

אין לבלבל ערך זה עם הערך "ניר ברטל".

ניר בן-טל (נולד ב-15 בספטמבר 1961) הוא ביולוג חישובי ישראלי ופרופסור מן המניין בבית הספר לנוירוביולוגיה, ביוכימיה וביופיזיקה בפקולטה למדעי החיים ע"ש ג'ורג' ס. וייז באוניברסיטת תל אביב. מחזיק הקתדרה על שם קזן לביולוגיה מבנית.^[1]

ביוגרפיה[עריכת קוד מקור | עריכה]

בן-טל נולד ב-1961 בירושלים וגדל בחיפה, הבכור בין שלושה אחים. אביו יונה בן-טל היה מהנדס מכונות שעבד שנים רבות ברפאל ואמו רות בן-טל הייתה מורה.

בצבא שרת ביחידת שלדג. ב-1982 במלחמת לבנון הראשונה נפצע בקרב בדאמור, תוך כדי ניסיון לחלץ את אלוף יקותיאל אדם ואל"ם חיים סלע.

בן-טל סיים תואר ראשון בביולוגיה, כימיה ופיזיקה באוניברסיטה העברית בירושלים בהצטיינות (1988) ומשם המשיך ללימודי תואר ישיר לדוקטורט בכימיה בטכניון (1993),^[2] בהנחיית פרופ' נמרוד מויסייב.

בין 1993 ל-1995 ביצע מחקר פוסט דוקטורט בכימיה ביופיזיקלית באוניברסיטת קולומביה, ניו יורק, ארצות הברית. הוא המשיך במחקרו בכימיה ביופיזיקלית כעמית מחקר באוניברסיטת קולומביה בין השנים 1995 ל-1997.

ב-1997 חזר לישראל והצטרף כחבר סגל למחלקה לביוכימיה וביולוגיה מולקולרית בפקולטה למדעי החיים ע"ש ג'ורג' ס' וייז, באוניברסיטת תל אביב. ב-2004 מונה לפרופסור חבר וב-2007 לפרופסור מן המניין.

החל מ-2018 הוא מחזיק בקתדרה על שם קזן לביולוגיה מבנית באוניברסיטת תל אביב.^[3]

כיום בן-טל הוא חוקר בבית הספר לנוירוביולוגיה, ביוכימיה וביופיזיקה בפקולטה למדעי החיים ע"ש ג'ורג' ס' וייז, וראש המסלול לתואר שני בביואינפורמטיקה בפקולטה למדעי החיים באוניברסיטת תל אביב.^[4]

חיים אישיים[עריכת קוד מקור | עריכה]

בן-טל הוא אב לשני בנים וחי בזוגיות עם לילך, בתו של פרופ' אורי בתר, מייסד המחלקה הנפרולוגית בבית החולים רמב"ם. מתגורר בתל אביב.

מחקר[עריכת קוד מקור | עריכה]

את תזת הדוקטורט שלו עשה בן-טל בהנחייתו של פרופ' נמרוד מויסייב מהטכניון, בנושא "דינמיקה לא-ליניארית קוונטית של מערכות שאינן תלויות בזמן ושל מערכות בעלות תלות מחזורית מחזוריות". המחקר סוכם בתשעה פרסומים מדעיים. במסגרת הדוקטורט בן-טל חקר, בין היתר, תופעה קוונטית שנקראת יצירת הרמוניות מרובות (multiple harmonic generation). בקרנה של מדיום לא ליניארי באור לייזר בעל תדירות מסוימת, המדיום פולט פוטונים (אור) בתדירות המקורית וכן במכפלות שלמות של תדירות זו (הרמוניות). במחקרו, בן-טל פיתח שיטה המבוססת על תאוריית פלוקה (אנ') לחישוב ההסתברות לפליטת פוטונים בהרמוניות השונות. במאמר המשך, בן-טל ושותפיו הוכיחו באופן מתמטי שהסיבה לכך היא סימטריה בהמילטוניאן של המערכת והדגימו זאת באופן חישובי.^[5]^[6]^[7]

במסגרת הפוסט-דוקטורט שלו, במעבדה של פרופ' ברי הוניג (אנ') באוניברסיטת קולומביה, בן-טל השתמש במודל המס הרציף של פואסון-בולצמן (אנ') שפותח במעבדה, וממצאיו פורסמו בשנים-עשר מאמרים שונים. הוא התמקד בעיקר בחקר של אינטראקציות בין פפטידים לממברנות. יחד עם שותפיו, בן-טל ניתח את היציבות של פפטידים סליליים בממברנה מבחינה אנרגתית ^[8] ^[9]. חישוביו הראו שהעברה של השלד הפפטידי הפולרי ממדיום מימי לממברנה השומנית כרוכה בעונש אנרגייתי גדול, אפילו כאשר קישרי המימן ממומשים באופן מיטבי, ושהשרשרות הצידיות של החומצות האמיניות צריכות להיות הידרופוביות מספיק בכדי לפצות על העונש. מחקרו גם הראה שאין כמעט אינטראציות אלקטרוסטטיות בין זוגות של פפטידים סליליים חוצי-ממברנה, כל עוד הקצוות הפולריים שלהם נותרים במים (המצב המועדף אנרגתית), ושתרומות לא-פולריות (כגון אריזה צפופה בהתאמה גאומטרית) הן הגורם הדומיננטי לאינטראקציה. בעבודות נוספות, בן-טל ושותפיו הראו שמודל הממס הרציף מסביר באופן כמותי, ובהתאמה יפה לניסיון, את האינטראציה של פפטידים בסיסיים (המכילים את החומצות אמיניות ליזין וארגינין) קצרים עם ממברנות ביולוגיות בעלות מטען שלילי. ^[10]^[11]

בתחילת דרכו בחוקר עצמאי באוניברסיטת תל אביב בן-טל המשיך להשתמש במודל הממס הרציף לחקר האינטראקציות של פפטידים נוספים עם ממברנות ביולוגיות, ובהמשך גם אינטראקציות של מולקולות תרופה, הורמונים, וכולסטרול עם ממברנות.

מתחילת המילניום בן-טל ושותפיו חוקרים חלבונים ממברנלים. המחקר כולל פיתוח שיטות לחיזוי מבנה ותנועה בחלבוני ממברנה, וכן שימוש בשיטות אלה ואחרות להבנת הקשר מבנה-תפקיד ומנגנון פעולה בחלבוני ממברנה.

קבוצת המחקר שלו באוניברסיטת תל אביב (במשותף עם קבוצות המחקר של פרופ' איתי מרוז ופרופ' טל פופקו מאוניברסיטת תל אביב) פיתחה שיטה בשם ConSurf^[12] למיפוי של מידת השימור האבולוציוני על פני שטח של חלבון על מנת לזהות ולהבליט את אזורי האינטראקציה שלו. שיטת ConSurf הינה מדויקת במיוחד משום שהיא מבוססת על מידול אמפירי של התהליך האבולוציוני, כולל שימוש מפורש בעצים פילוגנטיים.^[13]^[14]^[15]^[16]^[17]^[18]

בן טל זוכה פרס נאט"ו לשנת 2018 של תוכנית מדע לשלום וביטחון בהגנה רדיולוגית וגרעינית (CBRN) עבור הפרויקט שלו "טרנספורטר אנתרקס MntABC: מבנה, דינמיקה תפקודית ופיתוח תרופות".^[19]

בשנת 2022 הוא היה שותף בכתיבת הספר "ממולקולות לתאים: מוצא החיים על כדור הארץ", אשר עוסק בתחילת החיים על כדור הארץ.^[20] במהלך הקריירה שלו הוא פרסם מאמרים בכתבי עת מדעיים וכן ספרי לימוד מדעיים כמו "מבוא לחלבונים: מבנה, תפקוד ותנועה".^[21]

בשנים האחרונות, בשיתוף עם פרופ' רחל קולודני מאוניברסיטת חיפה, חוקר את מרחב החלבונים בניסיון להבין טוב יותר את הקשר בין רצף החומצות האמיניות של החלבון, המבנה שלו, תפקידו ומנגנון הפעולה שלו במטרה לגלות כיצד החלבונים הפציעו במהלך האבולוציה.^[22]^[23]^[24]

פעילות פוליטית[עריכת קוד מקור | עריכה]

בן טל היה פעיל במחאה נגד הרפורמה המשפטית, במסגרת החזית הורודה ואף נעצר במהלכה מספר פעמים.^[25]^[26]^[27] כיום (2024) פעיל במסגרת המחאה למען הקדמת הבחירות ולמען שחרור החטופים הנמצאים בידי חמאס.^[28]

קישורים חיצוניים[עריכת קוד מקור | עריכה]

אתר האינטרנט הרשמי של ניר בן-טל (באנגלית)
ניר בן-טל, באתר dblp
ניר בן-טל, באתר גוגל סקולר
ניר בן-טל באתר של אוניברסיטת תל אביב
אבי בליזובסקי, חלבון מחפש משמעות, ynet ה־24 בספטמבר 2004
פרופ' ניר בן טל - ביולוגיה - חלבון, מקור החיים, אקראיות מכוונת - הפודקאסט של לייטנר, פרק 13
ענתי גילעד, מתכנתים את החיים, ynet, ה־22 בפברואר 2024

הערות שוליים[עריכת קוד מקור | עריכה]

^ "August 2018: Ben-Tal awarded the Kazan Chair". אורכב מהמקור ב-2023-01-04. נבדק ב-2023-01-04.{{cite web}}: תחזוקה - ציטוט: bot: original URL status unknown (link)
^ "Nir Ben-Tal Faculty website". אורכב מהמקור ב-2023-01-04. נבדק ב-2023-01-04.{{cite web}}: תחזוקה - ציטוט: bot: original URL status unknown (link)
^ August 2018: Ben-Tal awarded the Kazan Chair, safrabio.cs.tau.ac.il (באנגלית אמריקאית)
^ ענתי גילעד, מתכנתים את החיים, באתר ynet, ‏22 בפברואר 2024
^ N. Ben-Tal, N. Moiseyev, Survival probabilities of complex Gaussian wavepackets in chaotic and regular systems by the Lanczos recursion method, Journal of Physics A: Mathematical and General 24, 1991, עמ' 3593
^ N. Ben-Tal, N. Moiseyev, H. J. Korsch, Quantum versus classical dynamics in a periodically driven anharmonic oscillator, Physical Review A 46, 1992-08-01, עמ' 1669–1672 doi: 10.1103/PhysRevA.46.1669
^ N. Ben-Tal, N. Moiseyev, S. Fishman, F. Bensch, H. J. Korsch, Weak localization in a chaotic periodically driven anharmonic oscillator, Physical Review E 47, 1993-03-01, עמ' 1646–1649 doi: 10.1103/PhysRevE.47.1646
^ N Ben-Tal, B Honig, Helix-helix interactions in lipid bilayers, Biophysical journal 71, 1996-12-01, עמ' 3046–3050 doi: 10.1016/s0006-3495(96)79498-5
^ A Ben-Shaul, N Ben-Tal, B Honig, Statistical thermodynamic analysis of peptide and protein insertion into lipid membranes, Biophysical journal 71, 1996-07-01, עמ' 130–137 doi: 10.1016/s0006-3495(96)79208-1
^ Nir Ben-Tal, Barry Honig, Robert M. Peitzsch, Gennady Denisov, Stuart McLaughlin, Binding of small basic peptides to membranes containing acidic lipids: Theoretical models and experimental results, Biophysical Journal 71, 1996-08, עמ' 561–575 doi: 10.1016/S0006-3495(96)79280-9
^ N. Ben-Tal, B. Honig, C. Miller, S. McLaughlin, Electrostatic binding of proteins to membranes. Theoretical predictions and experimental results with charybdotoxin and phospholipid vesicles, Biophysical Journal 73, 1997-10, עמ' 1717–1727 doi: 10.1016/S0006-3495(97)78203-1
^ ConSurf | Evolutionary conservation profiles of proteins, consurf.tau.ac.il
^ פרופ' ניר בן-טל | הפקולטה למדעי החיים ע"ש ג'ורג' ס. וייז, באתר lifesci.tau.ac.il
^ Stephen Krawetz (2009). Bioinformatics for Systems Biology. Humana Press. p. 327. ISBN 9781597454407.
^ Barak Yariv, Elon Yariv, Amit Kessel, Gal Masrati, Adi Ben Chorin, Eric Martz, Itay Mayrose, Tal Pupko, Nir Ben‐Tal, Using evolutionary data to make sense of macromolecules with a “face‐lifted” ConSurf, Protein Science 32, 2023-03 doi: 10.1002/pro.4582
^ Adi Ben Chorin, Gal Masrati, Amit Kessel, Aya Narunsky, Josef Sprinzak, Shlomtzion Lahav, Haim Ashkenazy, Nir Ben-Tal, ConSurf-DB: An accessible repository for the evolutionary conservation patterns of the majority of PDB proteins, Protein Science: A Publication of the Protein Society 29, 2020-01, עמ' 258–267 doi: 10.1002/pro.3779
^ Haim Ashkenazy, Shiran Abadi, Eric Martz, Ofer Chay, Itay Mayrose, Tal Pupko, Nir Ben-Tal, ConSurf 2016: an improved methodology to estimate and visualize evolutionary conservation in macromolecules, Nucleic Acids Research 44, 2016-07-08, עמ' W344–350 doi: 10.1093/nar/gkw408
^ Tal Pupko, Rachel E. Bell, Itay Mayrose, Fabian Glaser, Nir Ben-Tal, Rate4Site: an algorithmic tool for the identification of functional regions in proteins by surface mapping of evolutionary determinants within their homologues, Bioinformatics (Oxford, England) 18 Suppl 1, 2002, עמ' S71–77 doi: 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.s71
^ "NATO Science Partnership Prize awarded to three outstanding projects". NATO.
^ "'How life began merits a preceding discussion of what life actually is'". www.asbmb.org.
^ Damian J. Houde and Steven A. Berkowitz (2019). Biophysical Characterization of Proteins in Developing Biopharmaceuticals. Elsevier. ISBN 9780444641748.
^ Kaiyu Qiu, Nir Ben-Tal, Rachel Kolodny, Similar protein segments shared between domains of different evolutionary lineages, Protein Science: A Publication of the Protein Society 31, 2022-09, עמ' e4407 doi: 10.1002/pro.4407
^ Rachel Kolodny, Sergey Nepomnyachiy, Dan S Tawfik, Nir Ben-Tal, Bridging Themes: Short Protein Segments Found in Different Architectures, academic.oup.com, ‏27 בינואר 2021
^ נוימן, אפרת (2010-12-16). "המרוץ לתרופה הבאה". הארץ. נבדק ב-2024-05-06.
^ מחריפים את המאבק: שדרות רגר נחסמו לתנועה; מפגין נעצר, באתר www.b7net.co.il
^ https://twitter.com/MateAcademia_IL/status/1645755637123493888
^ https://twitter.com/YallaTikva/status/1690393330444845056
^ https://twitter.com/Yuval03634652/status/1785266104706695652

[1] "August 2018: Ben-Tal awarded the Kazan Chair". אורכב מהמקור ב-2023-01-04. נבדק ב-2023-01-04.{{cite web}}: תחזוקה - ציטוט: bot: original URL status unknown (link)

[2] "Nir Ben-Tal Faculty website". אורכב מהמקור ב-2023-01-04. נבדק ב-2023-01-04.{{cite web}}: תחזוקה - ציטוט: bot: original URL status unknown (link)

[3] August 2018: Ben-Tal awarded the Kazan Chair, safrabio.cs.tau.ac.il (באנגלית אמריקאית)

[4] ענתי גילעד, מתכנתים את החיים, באתר ynet, ‏22 בפברואר 2024

[5] N. Ben-Tal, N. Moiseyev, Survival probabilities of complex Gaussian wavepackets in chaotic and regular systems by the Lanczos recursion method, Journal of Physics A: Mathematical and General 24, 1991, עמ' 3593

[6] N. Ben-Tal, N. Moiseyev, H. J. Korsch, Quantum versus classical dynamics in a periodically driven anharmonic oscillator, Physical Review A 46, 1992-08-01, עמ' 1669–1672 doi: 10.1103/PhysRevA.46.1669

[7] N. Ben-Tal, N. Moiseyev, S. Fishman, F. Bensch, H. J. Korsch, Weak localization in a chaotic periodically driven anharmonic oscillator, Physical Review E 47, 1993-03-01, עמ' 1646–1649 doi: 10.1103/PhysRevE.47.1646

[8] N Ben-Tal, B Honig, Helix-helix interactions in lipid bilayers, Biophysical journal 71, 1996-12-01, עמ' 3046–3050 doi: 10.1016/s0006-3495(96)79498-5

[9] A Ben-Shaul, N Ben-Tal, B Honig, Statistical thermodynamic analysis of peptide and protein insertion into lipid membranes, Biophysical journal 71, 1996-07-01, עמ' 130–137 doi: 10.1016/s0006-3495(96)79208-1

[10] Nir Ben-Tal, Barry Honig, Robert M. Peitzsch, Gennady Denisov, Stuart McLaughlin, Binding of small basic peptides to membranes containing acidic lipids: Theoretical models and experimental results, Biophysical Journal 71, 1996-08, עמ' 561–575 doi: 10.1016/S0006-3495(96)79280-9

[11] N. Ben-Tal, B. Honig, C. Miller, S. McLaughlin, Electrostatic binding of proteins to membranes. Theoretical predictions and experimental results with charybdotoxin and phospholipid vesicles, Biophysical Journal 73, 1997-10, עמ' 1717–1727 doi: 10.1016/S0006-3495(97)78203-1

[12] ConSurf | Evolutionary conservation profiles of proteins, consurf.tau.ac.il

[13] פרופ' ניר בן-טל | הפקולטה למדעי החיים ע"ש ג'ורג' ס. וייז, באתר lifesci.tau.ac.il

[14] Stephen Krawetz (2009). Bioinformatics for Systems Biology. Humana Press. p. 327. ISBN 9781597454407.

[15] Barak Yariv, Elon Yariv, Amit Kessel, Gal Masrati, Adi Ben Chorin, Eric Martz, Itay Mayrose, Tal Pupko, Nir Ben‐Tal, Using evolutionary data to make sense of macromolecules with a “face‐lifted” ConSurf, Protein Science 32, 2023-03 doi: 10.1002/pro.4582

[16] Adi Ben Chorin, Gal Masrati, Amit Kessel, Aya Narunsky, Josef Sprinzak, Shlomtzion Lahav, Haim Ashkenazy, Nir Ben-Tal, ConSurf-DB: An accessible repository for the evolutionary conservation patterns of the majority of PDB proteins, Protein Science: A Publication of the Protein Society 29, 2020-01, עמ' 258–267 doi: 10.1002/pro.3779

[17] Haim Ashkenazy, Shiran Abadi, Eric Martz, Ofer Chay, Itay Mayrose, Tal Pupko, Nir Ben-Tal, ConSurf 2016: an improved methodology to estimate and visualize evolutionary conservation in macromolecules, Nucleic Acids Research 44, 2016-07-08, עמ' W344–350 doi: 10.1093/nar/gkw408

[18] Tal Pupko, Rachel E. Bell, Itay Mayrose, Fabian Glaser, Nir Ben-Tal, Rate4Site: an algorithmic tool for the identification of functional regions in proteins by surface mapping of evolutionary determinants within their homologues, Bioinformatics (Oxford, England) 18 Suppl 1, 2002, עמ' S71–77 doi: 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.s71

[19] "NATO Science Partnership Prize awarded to three outstanding projects". NATO.

[20] "'How life began merits a preceding discussion of what life actually is'". www.asbmb.org.

[21] Damian J. Houde and Steven A. Berkowitz (2019). Biophysical Characterization of Proteins in Developing Biopharmaceuticals. Elsevier. ISBN 9780444641748.

[22] Kaiyu Qiu, Nir Ben-Tal, Rachel Kolodny, Similar protein segments shared between domains of different evolutionary lineages, Protein Science: A Publication of the Protein Society 31, 2022-09, עמ' e4407 doi: 10.1002/pro.4407

[23] Rachel Kolodny, Sergey Nepomnyachiy, Dan S Tawfik, Nir Ben-Tal, Bridging Themes: Short Protein Segments Found in Different Architectures, academic.oup.com, ‏27 בינואר 2021

[24] נוימן, אפרת (2010-12-16). "המרוץ לתרופה הבאה". הארץ. נבדק ב-2024-05-06.

[25] מחריפים את המאבק: שדרות רגר נחסמו לתנועה; מפגין נעצר, באתר www.b7net.co.il

[26] ttps://twitter.com/MateAcademia_IL/status/1645755637123493888

[27] ttps://twitter.com/YallaTikva/status/1690393330444845056

[28] ttps://twitter.com/Yuval03634652/status/1785266104706695652

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

[25]

[26]

[27]

[28]