טיוטה:דפדפן גנומי (ביואינפורמטיקה)2
דפדפן גנומי הינו ממשק משתמש גרפי בתחום הביואינפורמטיקה המשמש לטובת הצגת מידע הקיים במאגר מידע ביולוגי, המכילים מידע על הגנום[1].
דפדפנים גנומים מאפשרים לחוקרים להיחשף לגנומים מלאים באופן חזותי ומכילים מידע מבאר הכולל חיזוי גנים ומבנה, חלבונים, אופני ביטוי, דרכי בקרה, שונות באוכלוסייה, ביצוע השוואה, ניתוח ועוד. המידע המלווה בהערות מבארות מגיע לרוב ממספר רב של מקורות.
ממשקי דפדפנים גנומים שונים ממרבית מאגרי המידע הביולוגיים בכך שהם מציגים את המידע באופן גרפי, המכיל את נקודות הציון הגנומיות בציר אחד עם הערות המציגות את הניתוח של הגנים, כגון תדירות הגנים, מידת הביטוי שלהם וכדומה[1].
חלקם הגדול של הדפדפנים הגנומים זמין לציבור, חינמי ובעל מאגר מידע מקוון נגיש. בין הידועים ביותר הם: הדפדפן הגנומי של אוניברסיטת קליפורניה בסנטה קרוז, הדפדפן הגנומי Ensembl, מציג נתוני הגנום של NCBI.
הדפדפנים הגנומים הללו תומכים במספר רב של גנומים, אך ייתכן כי דפדפנים גנומים נוספים הינם ייחודיים עבור מינים ספציפיים[1][2][3].
דפדפנים אלה מספקים סיכום של מידע המגיע ממאגרי מידע גנומים, מאפשרים ביצוע הערכות השוואתיות בין רצפים גנטיים שונים השייכים למינים רבים ומגוונים, ומאפשרים לקבל את המידע במגוון דרכים חזותיות על מנת לסייע בהערכות ובניתוח של מידע מורכב זה.[4][5]
הערות שוליים[עריכת קוד מקור | עריכה]
- ^ 1 2 3 Jun Wang, Lei Kong, Ge Gao, Jingchu Luo (March 2013). "A brief introduction to web-based genome browsers". Briefings in Bioinformatics. 14 (2): 131–143. doi:10.1093/bib/bbs029. PMID 22764121.
- ^ Jonathan Pevsner (26 October 2015). Bioinformatics and Functional Genomics (3rd ed.). Wiley. pp. 50–52. ISBN 9781118581780.
- ^ Michael Speicher; Stylianos E. Antonarakis; Arno G. Motulsky, eds. (2010). "Databases and Genome Browsers". Vogel and Motulsky's Human Genetics: Problems and Approaches (4th ed.). Springer. pp. 905–920. ISBN 978-3540376538.
- ^ Joel T. Dudley, Konrad J. Karczewski (3 January 2013). Exploring Personal Genomics. pp. 64–72. ISBN 9780199644483.
- ^ Wang Ziling, Zhang Lishu (2 July 2018). Essential Computing Skills for Biologists. World Scientific Publishing Company. pp. 20–29. ISBN 9781848169265.