פאבאלי החל את הקריירה שלו בקבוצת קרמונזה מהסרייה ב' ב-1987, ופעמיים (1989 ו-1991) העפיל עמה לסרייה א'. ב-1992 עבר ללאציו, ושיחק בה במשך 12 שנים שבמהלכן זכה לקבל את סרט הקפטן וזכה עמה בתארים אחדים. ב-2004 הוא עבר לאינטר מילאנו, עמה זכה פעמיים בגביע האיטלקי ופעם אחת באליפות (2006). באותה שנה החליט לעבור למילאן, ולאחר עונה ראשונה שבה פתח בהרכב פעמיים הוא זכה למקום קבוע בהרכב.
